薪酬管理體系一旦出現故障，不僅會給企業帶來很多麻煩，甚至會使企業運作失靈。
一、薪酬制度與企業經營戰略脫鉤或錯位
企業戰略不同，薪酬策略也應不同。企業在不同的發展階段，薪酬制度不一樣。從目前人力資源管理的現實看，其離企業戰略還很遠。許多企業仍只是把人力資源管理當成行政后勤類看待，部分企業即使設立了人力資源部門，也并未真正推行人力資源管理的思想，對于人力資源在公司整體運作體系中缺乏理性深入的定位。當企業進入了不同的發展階段，薪酬戰略應該有相應變動時，絕大多數企業的人力資源管理者卻并沒有獲得授權將員工薪資予以適當調整。薪酬管理還未能獲得企業最高決策者的全力支持，這導致了薪酬制度與經營戰略的錯位。
二、薪酬設計、管理不符合原則，有很大的隨意性
薪酬制度的設計必須滿足三個原則，即外部競爭性、內部公平性和個人公平性。目前我國許多企業在設計薪酬制度時，無法準確的獲取市場總體行情，收集的資料缺乏真實可靠性，薪資水平的確定缺乏有力的市場數據支撐。其次缺乏科學的職位評價體系，企業通過職位評價確定職位和工資等級，但在實際操作中容易管理者主觀影響，由于領導重視程度不同，有此職位等級定得很高，有些崗位定得很低。有些企業只是運用簡單的排序法排出等級，將同等級同類別的職位歸類歸檔，不科學的職位評價，造成企業內部薪酬的不公平。信息源:汕頭招聘網_www.rc3721.com<;/span>
三、盲目地運用薪酬保密制度，造成不必要的麻煩和問題
薪酬保密制度不是新鮮事物，它在一定程度上防止了職員在工資方面的盲目攀比行為，有利于公司在薪酬調節上的靈活可彈性。但實際上這種制度并不能達到預期的效果。其一，員工受好奇心的驅使四處打探，導致員工之間的相互猜測和怠工，因此密薪制形同虛設。其二、薪水的公平不僅體現在自身工作的努力上而且也體現在與別人的比較上。密薪制不能有效地激勵員工的工作熱情。其三，密薪制不利于開展提高生產效率和積極性的各種活動。薪酬體系應該是公開的，薪酬體系鼓勵什么，反對什么，具有導向和溝通的作用，有利于消除由此引起的員工關系惡化問題，易獲得員工的支持與信任。信息源:汕頭招聘網_www.rc3721.com<;/span>
四、福利系統不完善，獎金獎勵流于形式，難以起到激勵作用
完善的福利系統對吸引和保留員工非常重要，它也是企業人力資源系統是否健全的一個重要標志。福利項目設計得好，不僅能給員工帶來方便，解除后顧之憂，增加對公司的忠誠，而且可以節省在個人所得稅上的支出，同時提高了公司的社會聲望。現實中許多企業在廠房設備方面的投資熱情很高，但給員工辦理社會保險卻心有不甘，能省就省。由于社會保險體系的不完善，企業員工的安全感、歸屬感不強，公司薪酬缺乏吸引力。
五、激勵動力不足，缺乏績效管理系統的支持
薪酬的激勵機制在于縱向的職務升遷與橫向的薪酬增加兩個方面。隨著組織的日趨扁平化，職位等級鏈慢慢縮小，傳統的薪酬制度激勵效果有明顯下降趨勢，其結果導向偏離目標，無法使員工能夠不斷地獲取新的技能，支撐績效的發展。雖然出現了以寬帶薪酬思想設計的薪酬體系，但由于實施的范圍及條件的限制，在實際運作中成功案例很少。另外以橫向激勵代替縱向激勵，忽視了縱向員工激勵的作用，使得晉升成為一個比較困難的事情，也容易引起企業員工的反對。
六、員工個人能力與績效之間的尷尬
傳統薪酬體系考慮了崗位技能、績效等特征對員工薪酬的影響，而忽視了員工個人能力或素質對薪酬的影響。企業在進行薪資設計時，是否應為員工的能力付酬這個問題常常使企業感到困惑。如果不為能力付酬，員工能力提高的動力來自何處?如果為能力付酬，那么以什么能力為付酬基本?應付出多少?基于這些原因，在薪酬設計時就面臨一個兩難的處境——企業為能力付酬卻需承擔未獲得所需績效的風險;企業不為能力付酬，造成員工缺乏能力提升動力而影響績效和人才培養機制。
七、溝通不良，薪酬制度效果產生偏差
盡管很多人都認識了溝通的重要性，但事實是：溝通不良幾乎是每個企業都存在的老毛病，企業的機構越是復雜，其溝通越是困難。在人力資源開發上的溝通工作，激勵性薪酬無疑是最好的溝通手段，通過明確量化的評價，企業和員工能夠準確達成所需要的溝通目標。而現實中，絕大多數國內企業從未與員工溝通列在日程上。員工莫名其妙領了一筆獎金，卻不知道從何而來，為什么要給他這些獎金，沒有人告訴他哪些工作做得好，哪些工作做得不好，心中存著許多疑慮，原本是對員工一次最佳的激勵機會，卻因為缺乏溝通的機制，并沒有起到預期的激勵效果。
從上述問題中，可以看出我國多數企業現有的薪酬管理模式不僅沒有適當的激勵，反而給企業的生產發展帶來了阻礙。如果把企業戰略看作是企業生存發展的生命線，那么薪酬管理就是企業戰略中的一個鏈條。